Leta 2014 se je pod fasado cerkve uredil fasadni podstavek.

Gradnja sedanje cerkve

Kronist poroča, da seje ob novem in čvrstem zvoniku začela takratna cerkev od starosti vse bolj sesedati. V letu 1769 so jo podrli in na istem mestu začeli graditi novo. Dokončana je bila leta 1771. Stroški so znašali nekaj več kot 1802 goldinarja. Ker Škocjanci niso imeli dovolj denarja, ga je posodila brdska cerkev, in sicer v treh obrokih. Nekaj je posodila dobska župnijska cerkev, največ pa tedanji dobski župnik Filip Jakob Čebul, ki je gradnjo vodil.

Cerkev je zgrajena v baročnem slogu. Stropa na banjasti ladji in prezbiteriju sta obokana. Ladja je dolga 11,6 metra in široka 9,75 metra. Slavolok je širok 4,5 metra, prezbiterij pa 5,4 metra in globok 6 metrov.

Stene ladje zgoraj zaključuje zidni venec, ki je pri stranskih oltarjih prekinjen. Nad stranskima oltarjema sta polkrožni okni. Tudi prezbiterij ima na severni in južni strani po eno polkrožno okno, na severni strani ob oltarju pa še eno pravokotno. Na tlak iz velikih plošč sivega apnenca so v ladji in prezbiteriju pred leti položili opečne keramične ploščice iz Ljubečne. V prezbiteriju je tlak za eno stopnico višji. Na južni strani je kamnit portal in vhod v zakristijo.

Zakristija

Zakristija, ki je bila zidana hkrati s cerkvijo, je tudi obokana. Iz zakristije vodijo stopnice na prižnico. Na hrastovem tramu, ki je kot ograja pri stopnicah, je vrezana letnica 1770.

Zvonik

V cerkveni urbar so 12. junija 1723 zapisali, da sta cerkvena streha in zvonik po­škodovana. Kanonik in dekan Jurij Gladič je v novembru 1724, ko se je mudil v Dobu, naročil, da naj razpadajoči zvonik čimprej popravijo. Soseska je pripravila gradbeni material; med drugim je kupila za 50 goldinarjev skodel; torej je bil nov škocjanski zvonik prvotno pokrit s skodlami. V letu 1725 so začeli zidati nov zvonik, in sicer od temeljev. Povsem dokončan pa je bil najbrž šele leta 1730, ko urbar spet izkazuje večji izdatek (76 goldinarjev deželne veljave in 6 goldinarjev napitnine). V notranjosti pa so vidne sledi, daje bil zvonik pozneje za kakšne tri metre nadzidan.

Pri obnovi fasade na cerkvi in zvoniku se je leta 1984 pod beležem pod profiliranim strešnim zidnim vencem krog in krog pokazal naslikan živobarvni baročni venec, na čelni - južni strani pa letnica 1824, kar je bilo obnovljeno z enakimi barvami. Tako je znana tudi nadzidava zvonika. V severni, južni in zahodni steni so v zvoniku po tri pravokotne linice. Vse štiri velike line so zgoraj zaključene polkrožno, nad njimi pa so naslikane številčnice za uro, a so brez kazalcev. Zvonik je najbrž ob nadzidavi dobil volutasto - zaobljeno ostrešje. Leta 1928 je bilo ostrešje obnovljeno. Kritina je iz pocinkane pločevine. V zgornjem delu so tudi male line, na vrhu pa jabolko in kovan železen križ.

Zvonik ima spodaj na ajdovo zrno posnet talni zidec. Na zahodni strani je zgoraj polkrožno zaključena niša. V njej je bila včasih freska sv. Kancijana in tovarišev. V letu 1911 so vanjo postavili kip sv. Martina, kije bil do leta 1899 v glavnem oltarju v Dobu. Okrog leta 1970 so kip odstranili in vanjo namestili Križanega, ki je bil predtem na lesenem pokopališkem križu.

Zvonica je križno obokana. Včasih je bila na severno in južno stran odprta, a so jo ob zadnji obnovi na severni strani zazidali in vgradili okroglo okno, na južni strani pa so postavili vrata. Skozi zvonico je tudi glavni vhod v cerkev, stranska vhoda pa sta na severni in južni strani. 

Obnova cerkve

Potres leta 1895 je cerkev precej poškodoval. V letu 1896 so jo otrdili s kovinskimi vezmi in obnovili. Ponovno so no­tranjščino obnovili leta 1936. V letu 1940 je cerkev dobila elektriko, h križevemu potu in oltarjem pa je bila napeljana v letu 1952.

Nekako po stoosemdesetih letih je bila kritina iz skrila povsem dotrajana in strehe se ni dalo več vzdrževati. V letu 1951 so dotrajano ostrešje obnovili ter cerkev in zakristijo pokrili z bobrovcem. Slabo polovico sredstev je prispevala vlada Slovenije, drugo pa soseska. Med leti 1952 in 1960 je bila cerkev obnovljena znotraj in zunaj. Potres leta 1963 je najbolj poškodoval obok ladje nad slavolokom. V letih 1968 in 1969 so bila vsa stara vrata zamenjana z novimi, ki bolje tesnijo. Po letu 1980 je bila cerkev znotraj in zunaj hkrati z zvonikom vnovič obnovljena.

Na gradnjo in posvetitev svetišča ter zaključek temeljitih obnovitvenih del škocjanske cerkve spominjata letnici 1771 in 1984 v posvetilnih križih v prezbiteriju. Sklepno slovesnost ob zaključku obnove je 24. septembra vodil ljub­ljanski nadškof dr. Alojzij Šuštar.

Kor

Ob zahodni steni ladje sta bila včasih dva lesena kora; na spodnjem je bila letnica 1784. Zgornjega so podrli leta 1896, ko so cerkev obnavljali po potresu. Spodnji leseni kor so podrli leta 1976 in naredili železobetonskega z balustrado.

Po prvi svetovni vojni je imela podružnica svoj zelo dober pevski zbor, ki je več let pel pri ne­deljskih mašah v Šentvidu.

Ker škocjanska cerkev ni imela orgel, so leta 1937 pri Francu Prelovšku v Dobu kupili har­monij.

Prižnica

Prižnica je iz konca 18. stoletja. V letu 1995 jo je Ivan Pavlinec obnovil v prvotnih barvah. Polja na zaobljeni balustradi pa je obogatil z enakimi baročnimi elementi, kot so bili prvotni. Na vrhu baldahina - strešice nad prižnico je bila nekakšna monštranca z Jezusovim imenom IHS, ki je bila zamenjana z angelom s križem, sidrom in srcem: vera - upanje - ljubezen.

Oltarji v prejšnji cerkvi

Škof Rajnald Scarlichi je ob vizitaciji škocjanske cerkve leta 1631 našel tri oltarje. Posvečeni so bili: sv. Kancijanu in tovarišem, sv. Petru ter sv. Fabijanu in Sebastijanu. Tudi Valvasor v svoji Slavi Vojvodine Kranjske leta 1689 omenja v Škocjanu tri oltarje; posvečeni so bili istim zavetnikom kot ob Scarlichijevi vizitaciji, le da je pri stranskem oltarju izpustil sv. Fabijana.

Glavni oltar

Glavni oltar mučencev sv. Kancijana, Kancija, Kancijanile in Prota je lep, polihromiran in delno pozlačen baročni izdelek iz druge polovice 18. stoletja ter sodi med največje dragocenosti v škocjanski cerkvi. Škocjanska soseska takrat, ko je ta oltar nastal, ni bila tako bogata, da bi delo lahko sama naročila saj je bila zaradi gradnje cerkev zelo zadolžena. Oltar je bil torej narejen za neko drugo, večjo cerkev, saj je v Škocjanu stisnjen med steni in obok prezbiterija. Kipa sv. Ane in Joahima na gredi oltarja sta bila zato precej zadaj in komaj vidna. Tudi podstavek oltarja so ob postavitvi v škocjanski cerkvi precej znižali.

O tem, od kod je bila ta umetnina pripeljana v Škocjan, ni pisnih virov; morda iz kakšnega ob jožefinskih cerkvenih reformah razpuščenega samostana. Podlogar piše v škocjanskih Drob­tinicah, da je iz cerkve sv. Jakoba v Ljubljani ali od uršulink in da je tabernakelj iz Kostanjevice. Tako so Škocjanci oltar in tabernakelj morda dobili iz dveh cerkva. Na osnovi inicialk F. M. L. na lavaboju - krožniku za umivanje rok pri maši, ki naj bi pomenile Fratrum minorum Labaci -Manjših bratov v Ljubljani, pa je mogoče sklepati, daje bil narejen za nekdanjo frančiškansko cerkev na sedanjem Vodnikovem trgu v Ljubljani.

V župnijski kroniki je opomba, da je oltar iz leta 1784. Vendar ta letnica ni napisana na oltarju, ampak na tabernaklju. Na hrbtni strani tabernaklja je z okorno roko z minijem zapisano: Izgotovljen 1784, kar najbrž pomeni letnico izdelave ta­bernaklja ali postavitve oltarja in tabernaklja v škocjanski cerkvi.

Baročni tabernakelj je izdelan iz furnirja z lepimi intarzijami in srebrnimi vložki in je najbrž delo domačih mojstrov. V letu 1958 je umetnino obnovil Dragotin Hrovat iz Domžal.

Na leseni oltarni osnovi je postavljena bogata delno pozlačena arhitektura okroglih in štirioglatih t rov. Iz okroglih stebrov, ki so v spodnjem delu vijačasti, raste okrasno rastlinje.


Tudi plastika škocjanskega oltarja se nam predstavi z razgibanimi in skoraj robatimi po­stavami. Obrazi so precej posplošeni, v akcijah pa je mnogo dinamičnosti; predvsem razodevajo figure patos z gestikulacijo. Prav drastično se razvnemata v svojih opravilih velika angela; Mihael zmaguje nad hudobcem s spačenim obrazom, Rafael skrbi za malega varovanca Tobija. Naj ob tem dečku opozorim, da je v romarskem plaščku močno podoben otrokoma s Kamniških Žal in iz ljubljanske uršulinske cerkve, vendar gre le za motivno so­rodnost", piše Sergej Vrišer.

Ob oltarni sliki sta 180 centimetrov visoka kipa, na desni strani sv. Rok in na levi sv. Boštjan. Pred stebrovjem na desni strani je sv. Barbara in na levi sv. Katarina. Na oltarnih krilih ali obhodnih lokih sta že omenjena nadangela, na desni sv. Rafael s Tobijem, na levi pa sv. Mihael z mečem prebada hudobca. Na sredi je novejša oljna slika na platnu zavetnikov škocjanske soseske, sv. Kancijana, Kancija in Kancijanile ter njihovega učitelja Prota (200 x 100 cm), delo slikarja Anto­na Jebačina. V bogatem dekorju nad sliko je s trnjevo krono ovito srce.

Zgoraj, na vrhu ogredja, v atiki je sedeča Marija z Jezusom v naročju in štirimi angeli. Na poudarjenih školjkastih segmentih sta naprej v prezbiterij pomaknjena, na desni strani sv. Nikolaj in na levi sv. Avguštin. Zadaj na straneh pa sta dva angela. V tej atični skupini sta bila včasih tudi sv. Ana in Joahim, ki sta sedaj obnovljena na oltarni menzi (133 cm). Vsi kipi so leseni, polihromirani in pozlačeni. Oltar ima na zadnji strani vgrajenih nekaj elementov starejšega oltarja. Kipi in marmoriran ter bogato okrašen in delno pozla­čen oltar so bili v letu 1984 očiščeni in zavarovani proti propadanju.

Oltar sv. Petra

Ob steni na severni, evangelj-ski strani ladje je na kamniti menzi lesen temno marmoriran oltar sv. Petra, apostola z vijačastimi in ravnimi stebri na straneh iz konca 16. ali začetka 17. stoletja. Ob stebrih sta 100 centimetrov visoka lesena, polihromirana in pozlačena kipa, na levi strani sv. Kozma, na desni sv. Damijan. Na volutasto zaključenem ogredju sta na straneh sedeča angela. Oltar zgoraj zaključuje Marijino ime s križem. V osrednji oltarni vdolbini je slika Jezus izroča ključe sv. Petru. Slika (olje, platno, 210 x 95 cm) je spodaj signirana: Anton Jebačin 1918. Cerkvi jo je podaril Mihael Bergant-Olavf iz Škocjana. Pod sliko je pritrjen angel s svečo.

Na oltarni mizi je 76 centimetrov visok lesen kip sedeče sv. Marije Magdalene z bogato na­gubano obleko in pokrivalom. V desni roki ima križ, v levi pa mrtvaško glavo. Umetnostni zgo­dovinarji delo pripisujejo ljubljanski frančiškanski podobarski delavnici.

Ko je leta 1861 treščilo v zvonik in cerkev, je strela oltar zažgala, a se je ogenj v lastnem dimu zadušil.

Oltar sv. Antona Padovanskega

Oltar sv. Antona Padovanskega ob južni steni je enak oltarju na severni strani in je tudi nekako iz začetka 17. stoletja. Nekdaj je bil posvečen sv. Boštjanu. V glavni vdolbini je starejša preslikana slika (olje, platno, 210 x 95 cm). Svetnik kleči in steguje roke proti Jezusu, obdajajo ga angeli in na tleh ima knjigo. Pod sliko je na konzoli pritrjen angel s svečnikom (pred obnovo sta bila oba angela na oltarju sv. Petra). Ob sliki sta 100 centimetrov visoka, lesena polihromirana in po­zlačena kipa, na levi strani sv. Urban in na desni sv. Valentin. Zgoraj oltar zaključuje Jezusovo ime IHS s križem. Na volutah sta sedeča angela.

Podlogar piše v Drobtinicah, da so po izročilu oltar sv. Petra kupili na Križu, kjer so okrog leta 1840 grajsko kapelo podrli; a, ker sta enaka, sta bila najbrž izdelana oba hkrati. Po požaru sta bila oba oltarja obnovljena in 19. septembra 1872 slovesno blagoslovljena. V letu 1988 je restavrator Ivan Pavlinec oba stranska oltarja obnovil, in sicer v prvotnih barvah.

Na menzi je 73 cm visok lesen kip sv. Antona Puščavnika v redovniški obleki s popotno palico, knjigo in prašičkom. Svetnik je upodobljen sede. Obleka se mu bogato guba. Kip ima na hrbtni strani napis: F. LACTANTIVS SCHWAIGER M. MDCCX.

Oba kipa, sv. Antona in sv. Magdalene sta bila izdelana v ljubljanski frančiškanski podobarski delavnici, in sicer, kot pove letnica na hrbtni strani, leta 1710. V letu 1991 je Pavlinec oba kipa obnovil in pozlatil.

V letu 1988 sta bila oltarja obnovljena s pr­votnimi barvami.

Križev pot

Prejšnji križev pot je cerkev dobi­la leta 1844; blagoslovil gaje od provinciala po­oblaščeni Gotard Spende, opat iz Kamnika, na tretjo nedeljo po veliki noči, 28. aprila istega leta.

Sedanji križev pot (63 x 47 cm) je cerkev dobila v letu 1911. Po Fuhrichevih predlogah so ga za 700 kron izdelali v podjetju Ernest Krickel Schvveiger na Dunaju. Z domžalske železniške postaje so ga pripeljali na pepelnico 1. marca.

Mežnarija

Na jugozahodni strani cerkve so Škocjanci leta 1710 na cerk­venem zemljišču zgradili leseno brunarico - kočo za cerkovnikovo stanovanje. V mežnariji so nekdaj stanovali mežnarji, pozneje pa drugi stanovalci. Ker lesene razpadajoče stavbe ni bilo več moč vzdrževati in se je že podirala, so jo leta 1965 odstranili.